È un organo che conosce due stati: la flaccidità e l’erezione, che si manifesta quando il pene aumenta di volume e diventa rigido. Le dimensioni del pene sono soggette a numerose variazioni individuali. Il pene è composto essenzialmente da due parti, i corpi cavernosi e il glande, posto all’estremità del membro  

Il glande
Il glande ha la forma di un cono e quando è flaccido è ricoperto da una mucosa rosea, che si arrossa durante l’erezione. La punta del glande è connotata da un’apertura, il meato uretrale, che rappresenta la parte terminale dell’uretra dalla quale vengono emessi urina e sperma. La base del glande presenta un rilievo circolare, la corona del glande, che delimita al di sotto il solco balano-prepuziale. La corona del glande è talvolta ricoperta da piccole formazioni perlacee bianche, del tutto normali. Il glande è ricoperto dal prepuzio e impegnato da una produzione sebacea odorosa biancastra, lo smegma. Il glande è soggetto a infezioni e irritazioni, perciò è fortemente consigliata un’accurata igiene quotidiana, con detersione del glande dopo averlo scoperto (retrarre il prepuzio per mettere a nudo il glande), con acqua e sapone. Il prepuzio è una piega di pelle mobile che ricopre il glande; la circoncisione consiste precisamente nell’eliminare chirurgicamente il prepuzio. La lunghezza del prepuzio è variabile, talvolta non ricopre completamente il glande, talvolta lo supera. L’orifizio anteriore del prepuzio è in genere sufficiente grande perché il prepuzio possa essere facilmente spinto indietro, talvolta esso è troppo stretto e non consente al glande di fuoriuscire: si tratta di una patologia chiamata fimosi. Sul lato inferiore del glande un solco collega il meato uretrale e il solco balano-prepuziale, e in questo solco si inserisce una piega di mucosa dalla forma triangolare, il frenulo del prepuzio, che ne limita la retrazione. Il frenulo può essere troppo corto e richiede un intervento chirurgico, e talvolta durante i primi rapporti può capitare che il frenulo troppo corto provochi sanguinamenti impressionanti, ma assolutamente benigni, risolvibili con una compressione manuale molto ferma per una decina di minuti. Se l’incidente si ripete, è necessario consultare urgentemente il medico. 

I corpi cavernosi
Il pene ha origine nel perineo, ed è ancorato alla sinfisi pubica tramite il ligamento sospensore. Alla radice, il pene è ricoperto da peli che crescono più o meno abbondantemente. Lungo il corpo del pene sono talvolta osservabili piccole formazioni bianche sottocutanee, si tratta di innocue cisti sebacee che in genere non provocano alcun disturbo. Cisti sebacee di dimensioni più importanti possono presentarsi anche sullo scroto e talvolta devono venire rimosse chirurgicamente. Il pene può presentare curvature congenite.

Lo scroto
Sotto il pene si trova lo scroto, una specie di sacca cutanea che contiene i testicoli. Ogni testicolo è sospeso all’estremità di un cordone spermatico, che contiene i vasi sanguigni, i nervi, i canali deferenti e il muscolo cremastere che circonda il testicolo. Quando i muscoli cremasteri si contraggono in reazione al freddo, all’eccitazione sessuale o a un intenso sforzo fisico, i testicoli risalgono, e si riavvicinano al corpo. Si può osservare abitualmente che i testicoli possono avere dimensioni diverse e posizionarsi più o meno in basso in funzione della lunghezza del cordone spermatico.